决战之后，瑞为了修复被元星撕裂的大地而耗尽能量，却在沉睡中被来自宇宙深处的神秘信号唤醒。
在第二季的元星核爆大战后，瑞（纳米核心）为了修复破碎的地球地表，将自身能量几乎耗尽，进入长达五年的沉睡。当他苏醒时，世界格局已变：人类与变种人达成了脆弱的和平，共同开发星际科技。瑞发现自己被当作战神供奉，但他越来越觉得这和平背后隐藏着阴谋。一段来自外太空的重复信号被破译，内容竟是：“关闭核心，否则毁灭。”瑞试图调查信号源，却发现当年并肩作战的伙伴们各怀鬼胎，有人甚至试图提取他体内的纳米核心能量来制造终极武器。本季将揭开纳米核心的真正来源——它并非地球产物，而是一个即将毁灭的高等文明留下的“审判装置”。
国漫科幻的标杆之作，第三季将世界观从地球拉升至宇宙尺度，格局宏大。打斗作画依然顶级，对“和平的代价”这一主题探讨有了更深层次。文戏明显进步，节奏张弛有度。
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